根據不同的研究方法、人力、物力及經費來選擇不同的調查對象。原則上應保證從研究對象中能獲得所需要的流行病學資料。為瞭保證研究結果的真實十性十和有較強的說服力，選擇的對象必須有代表十性十。
一、對象的選擇
調查對象可以從地理或行政管理的范圍來確定，例如選擇一個鄉、一個自然村或一個城鎮的居民。亦可調查某系統的職工，例如鐵路系統的職工及其他職業人群。調查對象可以規定為有某種特征的人群，如已知年齡對所研究的疾病有一定影響，或年齡是一個危險因素，可將研究對象限制在一定年齡范圍內。例如，當研究成十人的疾病時，可限制隻研究20歲以上的人群；如研究兒童或幼兒疾病時，研究對象可限於14歲以下或3歲以內的兒童。
研究對象可以從一個固定的地區中選擇，若將一個地區內所有病例均包括在內，稱以地區人群為基礎（population -based）的研究。如采用醫院患者為研究對象，則稱以醫院為基礎（hospital-based）的研究。一般以前者價值較大，因它包括各年齡組、不同十性十別的各型病例，且具有不同經濟條件、不同職業等的病人，這樣選擇的病人基本上不存在選擇偏倚。例如美國Framingham地區進行心血管疾病的研究。它從1948年開始，對僅有28000人口的小鎮，在30~62歲約10000例男、女中選擇6507名男十女人群作為觀察對象，每隔兩年進行一次血壓、體重、血清膽固醇、心電圖、吸煙等情況的追蹤調查而獲得多種有關心血管疾病的資料。
在病例對照研究中，需選擇病例組與對照組。為瞭減少混雜因素的幹擾作用，常采用配比方法（matching），在選擇對照組時可規定幾條必須符合某些配比的條件，例如年齡、十性十別、職業、居住地區等，使病例組與對照組具有可比十性十。配比又分個體配比（individual matching）與群體配比（frequency matching）兩種，以個體配比較常用。
在定群（隊列）研究中，如果暴露人數不多，可全部作為研究對象，但在選擇非暴露人群時常需進行十抽十樣調查，多采用隨機十抽十樣，以保證非暴露組對象的代表十性十，一般多采用分層十抽十樣或二階段十抽十樣法。
在調查研究中，除調查人群外，有時尚需調查生物群，包括動、植物群。不同生物群落與自然疫源十性十疾病或人類某些疾病均有關。例如調查流行十性十感冒、流行十性十乙型腦炎、鉤端螺旋體病等，均需調查病原體在豬群中的感染頻十度、變異情況等。一些非傳染十性十疾病也需調查動、植物群，從而瞭解它們與人類疾病的關系。例如在肝癌的高發區調查鴨肝癌等。有學者認為對豬群出生缺陷與死產的監測有助於提示環境因素中的致癌物。
二、樣本大小
在流行病學調查研究中，樣本大小是一個很重要的問題，樣本太大或太小均不合適。太小可能不存在所要調查特十性十的個體；太大則又十浪十費人力、物力等。如果籠統地詢問，一次調查須多少人合適？這個問題往往無未能作出一般十性十回答，因為采用不同的研究方法，其樣本含量不一。病例對照研究方法樣本需數量不大；而定群研究需要樣本量大一般下列幾個因素影響樣本的大小：
（一）允許誤差的大小，允許誤差大則樣本可小些。
（二）對調查結果的十精十確度要求（即α與β值），要求十精十確度高，則樣本要大。
（三）調查對象的總體中，如各單位間差異大，則樣本應大；如各單位間齊十性十高，則樣本可小。
（四）所調查疾病的預期患病率高，則樣本可小；反之則樣本應大。
各種研究方法所需樣本的大小，將在以後各章節中具體介紹。