在進行任何一項調查研究時均有其調查的目的。例如1988年1月在S市驟然發生甲型病毒十性十肝炎（甲肝）爆發流行，在短短的二個月內報告病例數達30餘萬。疫情之猖獗、危害之深重在國內醫學史上從未有之。面臨新的疫情，我們應開展調查研究，其目的欲瞭解它的可能病因是什麼？通過什麼傳播媒介能使這麼多人感染等？要解決這些問題僅憑個人的經驗是難以解決的，必須借助他人的經驗，即查閱有關醫學文獻。從文獻中瞭解國內外有無類似的爆發歷史記載，他們采用哪些研究方法進行調查研究的，目前已達到何種研究水平，獲得哪些主要結論等，為形成這次爆發流行的病因假設提供必要的和充分的依據。其次尋找可以借鑒的研究方法，目前在驗證此假設時已應用哪些方法，其優缺點如何？最可能被我們采納的是什麼方法等等。
通過查閱大量的文獻，使研究者心中有數，有以往的事實作為依據，又有調查和實驗的資料作為基礎，再結合醫學和生物的知識形成病因假設。一旦形成假設，它就成為此項研究工作中的主導思想，即為研究目的，例如S市甲肝爆發流行時形成假設——食用十毛十蚶可能是導致S市甲肝爆發流行的原因。因此在進行各種調查研究中，就應該去證實食用十毛十蚶者比不食用者甲肝的罹患率高，由此論點來指導整個研究設計。在甲肝流行期，挨戶共調查28000餘人有關食用十毛十蚶與甲肝罹患率的聯系，發現食用十毛十蚶者甲肝的罹患率明顯高於未食用者；食用十毛十蚶量愈多，甲肝罹患率亦愈高，有明顯的劑量效應聯系。並發現甲肝的流行高十峰發生於十毛十蚶大量上市供應後30天左右（此為甲肝的平均潛伏期）。在市場上禁止供應十毛十蚶後，又經過一個最長潛伏期，流行趨於平息。由此而獲得十毛十蚶為傳播本次甲肝爆發的流行病學證據。為瞭驗證十毛十蚶是導致甲肝爆發病原的媒介，又采用核酸雜十十交十十和組織養法，從當時市場供應和產地捕撈的十毛十蚶中證實確有甲肝病毒存在，即采用實驗的方法來難十毛十蚶為造成甲肝爆發的病原學證據。假如在調查研究時，僅有一個空泛的假設，而沒有形成具體的目的，則調查研究往往無從下手。
流行病學調查研究的目的主要有下列幾種：描述人群的健康狀況、研究疾病的病因、尋找高危人群並估計其相對危險度、研究疾病的自然史、評價各種防治措施的效果等。