首先，治療造成硫胺素缺乏的原發疾病誘因，如消化道疾病、糖尿病、甲狀腺機能亢十進等。
12.6.1 腳氣病的治療
飲食：宜用含硫胺素豐富的高蛋白低鹽飲食。蛋白質每日100～150g，但碳水化物的量不宜多。
應用硫胺素：病情輕的或幹型腳氣病，口服硫胺素，一日3次，每次5mg 。
重者肌註或靜註硫胺素一日2次，每次10mg。到病十性十緩解後，可改為口服，用量同上。
暴發型：首次靜註硫胺素20mg，其後每4小時肌註10mg、直到可改為口服，每日10mg。假如嬰兒吃人十奶十，對哺十乳十者應給硫胺素治療，每日2次，每日10mg，註射或口服均可。
輔助藥物治療：酵母4～20g或用復合維生素B。
一般治療：臥十床十休息以及對癥治療。
12.6.2 與硫胺素有關疾病的治療
慢十性十乙醇中毒神經炎：每日口服硫胺素10mg，2～3日內就能收到良好療效。
妊十娠十性十神經炎：每日口服硫胺素5～10mg。嘔吐時可註射。
心血管疾病：小動脈擴張而引起的血流量增加。用硫胺素後幾小時內血流速度就可減低，同時由於循環改善，氧利用率也增加。口服硫胺素每日3次，每次5mg。
多種維生素缺乏：很多膳食不當的人可以遭到復合維生素B族中幾種以上成分的缺乏。例如用菸酸治療癩皮病人：當癩皮病治療愈後，則又出現顯著的腳氣病癥狀。因此在治療維生素缺乏癥時，給與幾種維生素B的復合制劑是必要的。
胃腸疾患：引起吸收量不足的腸道疾病如慢十性十腹瀉，可給硫胺素以防止硫胺素缺乏癥的發生。此辦法也同樣適用於小腸切除或有腸瘺的病人。
12.6.3 硫胺素衍生物的應用
應用最廣泛的是硫胺素的丙基二硫化物（thiamin propyl disulfide,TPD）與硫胺素四氫化糠醛二硫化物（thiamin terahydrofurpuraldisulfide,TTFD），這些藥物在水中溶解度很低，而且被硫胺素酶分解極微。甚至口服也比硫胺素鹽酸鹽在血、組織與腦脊髓液中產生的硫胺素水平高。酒十精十中毒患者口服TPD比口服硫胺素鹽酸鹽，在糾正生化與臨十床十缺乏癥狀的效果更為明顯。對亞急十性十壞死十性十腦脊髓病（CNE）治療的初步報告指出，TPD與TTFD比硫胺素鹽酸鹽更能升高腦脊液中的硫胺素水平。因SNE的緩解與腦脊液中的硫胺素的高水平有密切關系。故臨十床十上用TPD或TTFD來治療這類病人。