乙巳正月，南十陽十太守魯宗之起兵來襲襄十陽十，桓蔚大懼，奔走十江十陵。劉毅等大軍至馬頭，桓振恐不能守，又挾帝出屯十江十津，遣使見劉毅，願割十江十、荊二州，奉送天子還京。毅等不許，宗之進屯紀南。振留桓謙、馮該守十江十陵，自引兵五千與宗之戰，大破之，宗之走還，而毅等亦以兵乘振出，破該於豫章口。謙聞知，棄城走，毅等大軍進入十江十陵，執卞范之等斬之。振以兵還，知城已失陷，其眾皆潰，乃逃渦川。朝廷下詔大處分，悉委冠軍將軍劉毅所領，大赦改元，惟桓氏不赦。以桓沖靖忠王室，特宥其孫胤徙新安；以宗之為雍州刺史；十毛十璩為征西將軍，統梁、益等軍；以弟瑾為梁州刺史；瑗為寧州刺史，獨桓氏及何澹之等不赦，桓謙、澹之皆奔降秦。
二月，留臺百官備鑾駕迎帝於十江十陵。劉毅、劉道規二人，握兵屯夏口，以備諸桓。使何無忌保帝東還，帝至建康，百官詣闕待罪，詔令復職。尚書殷仲文以朝廷音樂未備，言於劉裕，請治之。裕曰：“今日不暇給，且十性十所不解。”仲文曰：“好之自解。”裕曰：“正以解則好之，故不十習十耳！”以瑯玡王德文為大司馬，武陵王遵為太保，劉裕為侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事。加裕尚書事，裕固辭不受，而請歸藩鎮。