卻說劉毅、何無忌、劉道規既破湓口，率眾自潯十陽十西追，與桓玄遇於崢嶸洲。毅等兵不滿萬，而玄戰士數萬，毅憚之，曰：“玄戰士還有五七萬，吾眾不滿九千人，何以為敵？不如暫退！”道規曰：“不可！彼眾我寡，強弱異勢，今若不進，必為所乘！雖至潯十陽十，豈能自固？夫決機兩陣，將雄者克，不在眾也！”因麾眾先進，毅等從之。玄常漾舸於舫側，以備敗走，由是眾莫有鬥志。毅等乘風縱火，盡爭先與玄十十交十十戰，玄眾大潰而走。玄復挾帝單舸西走，留永安何皇後及王皇後於巴陵。
殷仲文因叛玄，奉二後之懿旨，還建康。
玄與帝入十江十陵，欲奔漢中，而人情垂沮，乃與心腹百餘人夜出，更相殺害，僅得至船，左右奔散去瞭。荊州別駕王康產見玄走瞭，奉帝入南郡府舍居祝玄乃自奔走，出離南郡。
卻說益州刺史十毛十璩因弟十毛十璉死，乃使參軍費恬謂從孫佑之曰：“聞君令兄修之為桓玄屯騎校尉，今桓玄與劉毅十十交十十戰不利，走南郡必從此過。吾料桓玄不復再興，不如迎玄說之入蜀，請君令兄收之，回益州同守故邑，以圖大事，君意如何？”佑之曰：“公策正合我意。”言訖，二人前來至玄舟船接玄，玄乃大喜，遂問二人姓名，二人未及答應，當屯軍校尉十毛十修之，進前認得二人是其弟及參軍，急道曰：“此二人，一是小將舍弟佑之，一是傢叔參軍費恬，聞大王至，故來接耳。”桓玄聽畢，以二人為將而問曰：“吾欲去漢中避兵災，以圖興復，汝倆有何計策？可以教也！”佑之、費恬欲說修之回益州，乃進言曰：“陛下欲圖興復，不如往蜀。蜀外有崇山之固，內有磐石之靠，進可兼並天下，退可鼎足而立，足可以拒劉裕之兵也。”
修之亦說曰：“蜀地乃興王之所，昔漢帝亦從此興起，陛下可速行！”玄聽其說，自可與眾同行。行至益州界首，佑之、費恬密與修之言曰：“我二人迎玄者，為脫公也！今桓玄地失兵潰，不久必亡，我三人莫若引部下之兵，走回益州，別圖大事；倘若延遲，則禍至五日矣！”修之曰：“吾有此意久矣，今已至此，安敢不逃乎！”言罷，三人各引部下兵，連夜走回益州，去見十毛十璩。及至次日，眾軍報知桓玄，玄乃大驚，悶悶不悅。
卻說益州督護將軍馮遷見玄敗，禍延及己，乃引部下之兵入營，十抽十刀而前，欲殺桓玄。玄急忙拔頭上玉簪與之，遷不受。
玄曰：“汝乃何人耶？敢殺天子？”遷應之曰：“欲殺天子之賊耳！”遂斬之。時玄年三十六，自篡逆至敗時，止八月耳。
於是馮遷割桓玄之首級，令人傳至建康，見劉裕。裕大喜，賞賜來人，傳令將首級以示四門。
是時尚書王暇聞玄劫天子在十江十陵，乃率百官至十江十陵，復立晉帝於十江十陵。毅等既戰勝，以為大事已定，不急迫躡。玄死一句，諸軍猶未至。桓謙及振竄匿，聞玄死，乃復出聚眾數萬，襲十江十陵，陷之，殺王康產，見帝與百官在殿，意欲行弒。桓謙曰：“劉裕之亂，豈帝所為？若殺之，吾何所容？不若禁之。”
乃拜而欲出。為玄舉哀，追謐桓玄，率群臣奉璽綬於帝，侍禦左右，皆振腹心。謙、振聞無忌、道規等兵復至，乃率眾出拒。
何無忌、劉道規二人進兵來攻謙、振於馬頭坡，兩下十十交十十鋒，謙兵驚潰，被無忌大破之。無忌又趨十江十陵，道規曰：“兵法，屈伸有時。諸桓世居西楚，群下皆為竭力。振勇冠三軍，難與十十交十十鋒，且可息兵養銳，徐以計策縻之，不憂不克。”無忌不從。
自以兵出，迎戰於瀘溪。無忌等大敗，退還潯十陽十，聚糧繕船，未嘗無備，故何無忌雖敗退，猶賴劉敬宣以復振，遂進克至夏口。桓振遣馮該守東岸，孟山圖據魯山城，桓仙客守偃月壘，眾合萬餘，水陸相援。等與無忌分兵夜擊，悉攻破之。生擒山圖、仙客，馮該率殘兵奔走石頭城去訖。