乙卯十一年正月，劉裕收司馬休之次子文寶、兄子文祖，賜其自死訖。裕自領荊州刺史，將兵擊之。以將軍劉道鄰監留府事，劉穆之兼右仆射，命國事皆決於穆之。
時雍州刺史魯宗之自疑不為裕之所容，與其子竟陵太守魯軌起兵助休之。二月，休之知次子文寶等被害，發兵討裕，又遣人上表罪狀劉裕，裕乃勒兵拒之。裕又以密書令人招休之錄事韓延之為內應，延之不允，令人回書曰：辱疏。知以譙王前事，親率軍馬，遠履西畿，良增嘆息。
司馬平西體國忠貞，款懷待物，以公有匡復之勛，國傢蒙賴，推德委誠，每事詢仰。譙王見劾，自表遜位，又奏廢之，所不盡者命耳！而公以此遽興甲兵，所謂‘欲加之罪，何患無辭’！劉裕足下，海內之人，誰不見足下此心，而欲欺誑國士！自謂“處懷期物，自有由來。”夫劉藩死於閭闔，方諸葛斃於左右，甘言詫方伯，襲之以輕兵。今又伐人之君，陷人以利，真可謂“處懷期物，自有由來”矣！吾誠鄙劣，嘗聞道於君子。
以平西之至德，寧可無授命之臣乎！假令天長喪亂，九流渾濁，當與臧洪遊於地下耳！
劉裕開視其書，以示將佐曰：“事人當如此矣！”諸將佐皆默然。
時韓延之以裕父名翹，字顯宗，乃更其子曰翹，以為不臣之意。劉裕遂使參軍檀道濟、朱齡石將步騎五萬出襄十陽十，十江十夏太守劉虔之聚糧以待。魯軌被道濟攻擊殺之，取其糧以給三軍。
裕又使婿徐逵之、蒯恩、沈淵等以軍三萬出十江十夏口，與軌戰。
逵之未嘗經戰，一見敵兵強盛欲走，因此眾潰，大敗而死。裕聞之大怒。三月，裕率諸將濟十江十，休之兵臨峭岸，裕軍士在岸下，無能登者。裕自披甲欲登岸，諸將諫之，不從。裕怒甚盛，主簿謝晦向前抱持裕曰：“主公不可登險！”裕十抽十劍指晦曰：“我斬卿！”晦曰：“天下可無晦，不可無公！”將軍十胡十藩以刀頭穿岸，裂容足指，使三軍騰之而上，隨者稍眾，直前力戰。
休之兵稍欲退，裕以兵乘之，休之兵遂大潰。裕以大眾攻克十江十陵，休之、宗之皆敗而走。魯軌留守石頭，見司馬休之眾潰大敗，料事不濟，不敢接戰，來守石城。劉裕直遣兵攻破石城，休之與魯宗之、軌等懼走奔秦。宗之素得民心，士民爭為之衛送出境，追兵盡境而還。
休之至長安，拜降秦王。興以為揚州刺史，使侵擾襄十陽十；復使宗之將兵克襄十陽十。未至，宗之已卒。
劉裕知休之奔降於秦，乃令眾將還建康，奏帝以穆之為左仆射。