丘靈鞠是吳興郡烏程縣人。祖父丘系，官秘書監，父親丘道真，作護軍長史。
靈鞠從小愛讀書，善寫文章，州裡征召他作從事。到領軍沈演之處報到，演之說：“從前我作州從事，到領軍謝晦處報到，賓主坐的位置正和今天一樣，你將來也會和我現在的位置一樣。”後逐步升遷為員外郎。
宋孝武帝的殷貴妃去世，靈鞠獻挽歌三首，其中有：“雲橫廣階..，霜深高殿寒。”孝武帝對這兩句嘆賞不已。後來作烏程縣令，不得志。泰始初年，犯瞭事被限令數年不得作官。褚彥回作吳郡太守，對別人說：“北郡的才子隻有丘靈鞠和沈勃而已。”於是向朝廷啟奏介紹他。明帝讓他著《大駕南討記論》。過瞭很長一段，委任他為太尉參軍。升明年間，作正員郎，兼中書郎。當時正是宋帝禪讓，齊高帝讓靈鞠負責詔令文書。建元元年(479)，改任中書郎，下詔讓他主持東宮書寫工作。曾有一次東回故鄉，到司徒褚彥回傢告別，彥回不起身，說：“近來腳病加重，再也起不來瞭。”靈鞠說：“腳病真是大事，您是一代重臣，不可再擔任您不能勝任的職務瞭。”他就是這樣強硬嚴刻。他不講求儀容禮節，隻求高興舒適。不久又主持修國史。
齊武帝即位，任通直常侍，不久主持東觀祭酒。靈鞠說：“人們作官都希望屢次升遷，讓我作一輩子祭酒我都沒什麼遺憾。”永明二年(484)，兼作驍騎將軍。靈鞠不樂意任武職，對別人說：“我應該回傢鄉把顧榮的墓扒瞭。江南地方數千裡，風流才子都出在這裡，顧榮突然招引一些鄉巴佬南渡，擋瞭我們這些人的道兒，真是死有餘辜。”
靈鞠好飲酒，愛評論褒貶別人。一次在沈深傢作客，見到王儉的詩，沈深說：“王儉文章大有長進。”靈鞠問道：“比我沒長進時怎麼樣？”這話傳到王儉耳朵裡。靈鞠在宋時文章名聲很大，入齊以後名氣漸衰又儀表不整，披頭散發松松垮垮，不理傢務。王儉對人說：“丘公作官不見升遷，文才也走下坡路瞭。”靈鞠作長沙王蕭晃的車騎長史時去世。著有《江左文章錄序》，起於太興年間，止於元熙年間，文集當時流行於世。